公司扣税需依法进行，不到5000元也可能涉及扣税。依据《个人所得税法》，工资扣税由企业代扣代缴，具体税额依据应纳税所得额及税率计算。若未依法申报或缴纳，可能面临税务处罚，影响个人信用。
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处理工资扣税问题，可查询税单、咨询税务部门或请律师协助。建议先自行查询工资条和税单，有疑问时咨询当地税务部门；若涉及复杂法律纠纷，可考虑聘请专业律师提供法律意见。
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工资扣税有疑问，需核实。操作如下：1.核对工资条与税单，确保扣税金额准确；2.如有疑问，向财务部门索要扣税明细；3.仍不解，咨询税务部门或专业律师，了解具体扣税依据；4.若发现违法扣税，依法维权，要求补发并赔偿。